3. etapa – parta okolo Miroslava Pelty zachránila fotbal
Od druhé poloviny osmdesátých let hrál Jablonec pouze třetí ligu, národní podnik LIAZ pomalu skomíral a s budoucností fotbalu v Jablonci to vypadalo všelijak. Ale potom si v roce 1992 parta kolem bývalého brankaře Jablonce Miroslava Pelty řekla dost a začal boj o cestu zpět na výsluní. V sezoně 1992/93 z toho byla jenom neúspěšná druholigová baráž s Bohemians Praha, ale o rok později už to klaplo. Jablonec suverénně vyhrál druhou ligu a po téměř dvaceti letech tak znovu postoupil do nejvyšší české fotbalové soutěže. A v ní hraje jablonecký tým doposud.
Na tomto úspěchu měli lví podíl tehdy již prezident klubu Miroslav Pelta podporovaný zkušenými odborníky, jako byli například Jaroslav Dočkal a Luboš Šrejma. Hráčsky se o postup zasloužili Mirek Braniš, Radek Hromádko, Martin Vejprava, Jirka Tymich, Aleš Vaněček, Prokop Výravský, Roman Sokol, Roman Skuhravý, Petr Jirásko, Jaroslav Ložek, Pavel Medynský, Jaromír Navrátil a další. Trenérem byl Josef Pešice, který odkaučoval i první prvoligovou sezonu. Jablonec vlétl do ligy suverénně, posílen o pozdější brankářskou legendu Zdeňka Jánoše ze Slavie, mladičkého odchovance Sparty Pavla Horvátha, janovského odchovance kterého Dočkal přivedl z Liberce Pištu Mihálika, či vůbec prvního profesionála v historii Jablonce Pavla Pěničku.
Nejúspěšnější léta byla v 90. létech spjata s trenérem Jiřím Kotrbou, který dovedl tým dvakrát ke třetímu místu (1995-96 a 1996-97) a v roce 1998 k vítězství v domácím poháru (po vítězném zápase s Drnovicemi 2:1 v prodloužení). Jablonec také nakoukl do Evropských pohárů, v sezoně 1997-98 vypadl ve 2. předkole se švédským týmem Örebro z poháru UEFA a v sezoně 1998-99 vypadl v prvním kole PVP s kyperským Apollon Limassol. A přicházeli další hráči, kteří se významně zapsali do historie klubu: středopolaři David Breda, Radim Nečas, Milan Barteska, Pavel Jirousek, Robert Neumann, Radim Houb, obránci Milan Fukal a Jan Sopko nebo útočníci Radim Holub, Martin Procházka a Tomáš Čížek, který je v klubu dodnes.